邳州市疾病预防控制中心的前身为邳州市卫生防疫站。2004年12月正式挂牌。邳州市疾病预防控制中心为全市疾病预防与控制工作的业务指导中心，担负着全市150多万人口的疾病预防控制、健康教育、产品卫生质量检测等任务。

邳州市疾控预防控制中心现位于邳州市青年东路，新址正在筹建中。

邳州市疾病预防控制中心在检测方面肩负产品卫生质量检测工作，检测工作内容分八大类：一、食品、食品添加剂、食品包装容器卫生质量检测；二、生活饮用水、饮用矿泉水、水处理化学剂（净水剂）卫生检测；三、化妆品卫生质量检测；四、生产环境职业病卫生检测；五、学校卫生质量检测；六、放射卫生检测；七、公共场所室内卫生检测；八、消毒杀虫药剂及医疗卫生用品卫生质量检测。